寺在中山门外中山陵之东，前身为开善寺原在钟山南麓独龙阜。洪武十四年(1381)，朱元璋为在独龙阜建明孝陵，将寺及塔迁此，改名灵谷寺。古称灵谷深松，为金陵48景之一。

予意云何云何法，

我闻如是如是观。

侯度撰题。

炉火红深，懒残煨芋；

密荫绿满，怀素书蕉。

懒残：唐代高僧，即明瓒师，因性懒而食得名。相传李泌往见，懒残方拨火煨芋。

怀素：唐代僧人、书法家，精勤刻苦。贫无纸可书，于故居种芭蕉万余株，以供挥洒，名其庵曰“绿天”。后以善狂草出名。

登高塔，凌长空，指点江山披锦绣；

穿深林，寻幽谷，漫游叶寺赏雨烟。

郭宗海撰题。